Seit einigen Jahren treten in Baden-Württemberg und anderen Regionen mit intensivem Zwetschenanbau verstärkt und weit verbreitet Probleme mit Fäulnis im Nacherntebereich auf.
Obwohl optisch einwandfreie Früchte an die Vermarktungsorganisationen geliefert werden, kommt es auf dem Weg zum Lebensmitteleinzelhandel teilweise zum massiven Verderb der Ware. Als Hauptschaderreger wurde die Pilzgattung Monilia identifiziert.
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Im Zwetschenanbau wechseln regelmäßig Jahre mit sehr hohen Erträgen und entsprechend niedrigen Erzeugerpreisen und Jahre mit schwachem Fruchtbehang, die unter dem Strich die Wirtschaftlichkeit des Zwetschenanbaues auf Dauer fraglich erscheinen lassen.
Die Kirschessigfliege Drosophila suzukii verursacht seit 2008 in Nordamerika und seit 2009 in Europa massive Schäden in weichschaligen Früchten. Im Jahr 2011 wurde sie erstmals im Süden Deutschlands, in Baden-Württemberg, Rheinland-Pfalz und Bayern festgestellt.
Jedes Jahr gibt es in der Region um den Süßen See in Sachsen-Anhalt zwei vollständig ausgebildete Apfelwicklergenerationen. So ist der Apfelwickler u. a. in einer über 30 Jahre alten Idared-Anlage seit 2007 ein großes Problem.
Die Scharkakrankheit ist die wirtschaftlich bedeutendste Viruskrankheit im Obstbau der gemäßigten Klimazonen. Auch in Deutschland ist sie weit über die Hauptanbaugebiete hinaus verbreitet.
