Die Bedeutung des Biologischen Steinobstanbaues ist in Österreich noch ausbaufähig. Bei Zwetsche laufen seit einigen Jahren Projekte, die Biofläche auszuweiten.
Der biologische Kirschenanbau ist, nicht zuletzt durch die schwierige Kirschfruchtfliegenbekämpfung und, in den letzten Jahren, aufgrund des massiven Auftretens der Kirschessigfliege wohl nur mit Einnetzung durchführbar. Bei Pfirsich und Aprikose hingegen dürfte Bio-Produktion in Hinblick auf das wahrscheinliche Schaderregerspektrum eher realisierbar sein. Allerdings sollte bei Aprikose die derzeitige günstige Vermarktungssituation auch im konventionellen Bereich nicht darüber hinwegtäuschen, dass wegen der derzeit massiven Pflanzung von Massenträgersorten in einigen Jahren zumindest durchschnittliche Fruchtqualitäten schwierig vermarktbar sein könnten.
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Im Zwetschenanbau wechseln regelmäßig Jahre mit sehr hohen Erträgen und entsprechend niedrigen Erzeugerpreisen und Jahre mit schwachem Fruchtbehang, die unter dem Strich die Wirtschaftlichkeit des Zwetschenanbaues auf Dauer fraglich erscheinen lassen.
Die Kirschessigfliege Drosophila suzukii verursacht seit 2008 in Nordamerika und seit 2009 in Europa massive Schäden in weichschaligen Früchten. Im Jahr 2011 wurde sie erstmals im Süden Deutschlands, in Baden-Württemberg, Rheinland-Pfalz und Bayern festgestellt.
Jedes Jahr gibt es in der Region um den Süßen See in Sachsen-Anhalt zwei vollständig ausgebildete Apfelwicklergenerationen. So ist der Apfelwickler u. a. in einer über 30 Jahre alten Idared-Anlage seit 2007 ein großes Problem.
Die Scharkakrankheit ist die wirtschaftlich bedeutendste Viruskrankheit im Obstbau der gemäßigten Klimazonen. Auch in Deutschland ist sie weit über die Hauptanbaugebiete hinaus verbreitet.
Nach dem Versuchsjahr 2002 bot sich in diesem Jahr erneut die Gelegenheit, einen Bekämpfungsversuch gegen einen nur gelegentlich auftretenden Schädling durchzuführen – den Bodenseewickler.
Anfang August 2007 wurde in ökologisch bewirtschafteten Apfelanlagen an der Niederelbe eine bis dahin nicht bekannte Fruchtfäule beobachtet, die sogenannte „Schwarze Sommerfäule“.
