Auch wenn die Symptome physiologischer Lagerschäden meist erst während der Lagerung oder nach Auslagerung sichtbar werden, liegen die Ursachen häufig schon weit vor der Ernte.

Ein eigentlich nur aus wärmeren Anbauregionen und vor allem in den Tropen und Subtropen bekannter Schadpilz mit dem schönen Namen Athelia rolfsii ist im vergangenen Jahr erstmals in einem Betrieb in Baden-Württemberg an Apfelbäumen nachgewiesen worden. 

Schadbilder und Ursachen
Als Fleischbräune werden alle Erkrankungen des Fruchtfleisches zwischen Kernhaus und Schale bezeichnet, bei denen das Gewebe in Folge von Zellschädigungen verbräunt.

Als Trübschaligkeit (physiologisch bedingt) bezeichnet man Lufteinschlüsse in der Fruchthaut.