Der in Deutschland wichtigste Erreger ist Botrytis cinerea, gefolgt von Colletotrichum-Arten sowie Gnomonia comari. Der Rhizomfäule-Erreger Phytophthora cactorum kann ebenfalls eine Form der Fruchtfäule verursachen, die Lederfäule, welche jedoch in unseren Erfahrungen von untergeordneter Bedeutung ist. Zumindest auf den ersten Blick ähneln sich gerade die Anfangsstadien der verschiedenen Fruchtfäulen, so dass eine präzise Identifizierung ihres Primärerregers schwierig sein kann. Dies gilt besonders, wenn Fruchtproben nicht sofort analysiert werden können, sondern verschickt werden müssen und im Transit durch Sekundärfäulen wie Rhizopus oder Mucor überwuchert werden. Eine zusätzliche Unsicherheit in der Diagnose von Botrytis cinerea ist der Umstand, dass dieser Pilz nicht nur Primärerreger ist, sondern z. B. in Gnomonia comariinfizierten Früchten auch als Sekundärfäule in Erscheinung tritt. Seit einigen Jahren ist die Suche nach der Ursache eines im norddeutschen Raum (Langförden und Stader Geest) immer wieder auftretenden Schadbildes (s. Foto 1) mit einer solchen Unsicherheit behaftet gewesen. Im Jahr 2007 wurde dieses Problem am OVB Jork untersucht. Die Arbeit wurde dabei sicherlich durch die für Fruchtfäulepilze äußerst vorteilhafte Witterung begünstigt.